At ile tedavi yönteminin ne zaman kullanılmaya başlandığı tam olarak bilinmemekle beraber, M.Ö. 400 yıllarına gelindiğinde hekimlerin atın hastalıklara olan pozitif etkisinden emin oldukları düşünülmektedir. Bunun nedeni at ile tedavi fikrine kitaplarda ve diğer kaynaklarda sıkça rastlanılmasıdır. Örneğin Hipokrat, Doğal Egzersiz adlı yazısında ata binmekten ve bunun sağlığa ne kadar yararlı olduğundan bahsetmiştir.

Benzer bir şekilde, 1569 yılında İtalyan Merkurialis Jimnastik Sanatı eserinde ve Fransız Tissot 1780'de yazdığı Medikal Cerrahi ve Jimnastik'te at binmenin sağlık problemlerinin çözülmesinde nasıl olumlu etkiler yaratabileceğini anlatmışlardır. İlerleyen zamanlarda yapılan bazı araştırmalarda, İngiltere'deki özürlülerin ve İkinci Dünya Savaşı'nda gazi olmuş askerlerin tedavisi esnasında atların kullanılabileceği keşfedilmiştir. 1950 yıllarında İngiliz fizyoterapistler bu teorilerini her türlü özrün atların yardımıyla tedavi edilebileceğine kadar ileriye götürmüşlerdir. Tüm bu gelişmelere ek olarak 1952 yılında çocuk felci olan Liz Hartel'in Helsinki'deki At Terbiye Olimpiyatları'nda gümüş madalya kazanmasıyla beraber, atlarla ilgilenmenin bu tarz normal hayatı kısıtlayıcı özürlere sahip hastaları olumlu yönde etkilediği kesinleşmiştir. Bu olay, Avrupa'nın çeşitli bölgelerinde hippoterapi merkezlerinin kurulmasına kadar ilerlemiştir.

1960'lı yıllara gelindiğinde, bu merkezler Amerika ve Kanada'da da yaygınlanmış; Almanya, Avusturya ve İsviçre'de bulunan merkezler, Avrupa'daki tüm atla terapi merkezlerinin arasında en iyileri olarak başı çekmiştir. 1969 yılında ise, kraliyet ailesinin verdiği destek ile İngiltere Özürlüler İçin At Binme Derneği kurulmuştur. Aynı yıl içinde Kuzey Amerika Özürlüler İçin At Binme Derneği (NARHA) kurulmuş, böylece hippoterapiyle ilgilenenler kendi içlerinde örgütlenmeyi başarabilmişlerdir.

1982 yılında Amerikalıların hippoterapiye olan ilgisi daha da yoğunlaşmış, 18 terapistten oluşan Amerikalı ve Kanadalı bir ekip, atla terapi eğitimini detaylıca alabilmek ve uygulamalarında bir standart oluşturabilmek amacıyla bu işin çok geliştiği ve yaygınlaştığı bir ülke olan Almanya'ya gitmişlerdir. 1992'de Amerikan Hippoterapi Birliği (AHA) kurulmuş ve at ile yapılan tedavilere belirli standartlar getirmiştir. Bundan tam iki yıl sonra, hippoterapi uzmanlık sınavları gibi alanda yetkinliği belirleyen bir takım prosedürlerin yürürlüğe girmesiyle atla terapinin başlı başına ilgilenilecek, bağımsız bir alan olduğu iyice netleşmiştir. Aradan geçen yıllar içerisinde birçok hippoterapi uygulama ve eğitim merkezi kurulmuştur. Eğitim merkezlerinde psikoloji ve anatomi derslerinden at binme derslerine kadar geniş bir müfredat ile tam donanımlı hipoterapistler yetiştirilmesi amaçlanmaktadır. Batı Michigan Üniversitesi ve St. Andrew Koleji gibi okullarda hippoterapi, ayrı bir akademik birim olarak varlığını sürdürmektedir.